Damit einer chronischer Krankheitsveränderung vorgebeugt werden kann, sollten Analfissuren schnellstmöglich behandelt werden. Therapieziel ist es vor allem bei akuten Verläufen, den Druck auf den Schließmuskel dauerhaft zu senken. Der Schlüssel für eine erfolgreiche Therapie scheint dabei die Festigkeit des Stuhls zu sein. Umso fester der Stuhl ist, desto mehr Druck entsteht und das Risiko für Analfissuren steigt immens. 

Aus diesem Grund werden in erster Linie Quellmittel eingesetzt, um den Stuhlgang aufzulockern. Durch den weicheren Stuhl nimmt der Druck beim Toilettengang nachhaltig ab. Damit die Quellmittel optimal wirken können und das individuelle Wohlbefinden nicht beeinträchtigt wird, muss während der Therapie generell auf ausreichend Flüssigkeitszufuhr geachtet werden. 

Um die örtlichen Beschwerden wie Jucken und Brennen zu lindern, kommen Salben zum Einsatz. Diese werden auf die betroffene Stelle aufgetragen. Meistens handelt es sich dabei um Salben mit Kalziumantagonisten oder Nitroglycerin. Die Therapie mit den Salben ist langwierig. So muss diese je nach Verordnung des Arztes mehrmals am Tag aufgetragen werden. Die Therapie erstreckt sich in der Regel auf sechs bis acht Wochen. 

Teilweise wird bei der Behandlung von Analfissuren auch auf Botulinumtoxin A gesetzt. Hierbei handelt es sich um ein Mittel, das direkt in den Schließmuskel gespritzt wird. Dadurch wird der Muskel zunächst gelähmt und der Druck lässt spürbar nach. Nicht jede Analfissur muss aber direkt behandelt werden. Häufig lohnt es sich, auf eine selbständige Heilung zu warten und anschließend vorbeugend zu agieren.